Christian Thimonier est ancien élève de l’Ecole Normale Supérieure, agrégé d’histoire et titulaire d’un DEA d’histoire moderne (1983). Il entame une carrière au Ministère des Affaires Etrangères, d’abord en qualité d’attaché culturel à l’ambassade de Pékin, puis comme conseiller dans les ambassades de Belgrade et de Kiev. Il a par ailleurs participé à la mission de l’OSCE au Kosovo et à Skopje. Il est aujourd’hui Conseiller des Affaires étrangères de Première Classe et sous-directeur de la coopération scientifique et de la recherche au sein de la direction de la coopération scientifique et universitaire du ministère des Affaires étrangères.